Foro - Perl en Español

Saludos, comunidad.

Mi problema es el siguiente, y si alguien me puede ayudar le estaré eternamente agradecido.

Tengo un archivo que contiene secuencias de 40 nucleótidos (alrededor de 2000 secuencias) y lo que debo hacer es saber si estos fragmentos de secuencias se encuentran en 6 archivos del formato fastq que traen cerca de 90 millones de secuencias.

En primera instancia, el script solicita el archivo de entrada, el nombre de salida y la dirección ...

Hola, gente. Mi primer mensaje en el foro.

Tengo un problema al sustituir un carácter de un fichero XML en formato UTF-8 (pruebas.xml, que adjunto). El fichero solo contiene 2 líneas:
Línea 1 ©
Línea 2 

Problema:

perl -i.bak -pe "s/\x{00a9}/COPYRIGHT/g" pruebas.xml #FUNCIONA CORRECTAMENTE.
perl -i.bak -pe "s/\x{2028}/L SEPARATOR/g" pruebas.xml #NO FUNCIONA.

Os aseguro que he buscado por muchos sitios y no he encontrado la solución. ¿Alguno podría ayudarme? ...

Hola, tengo el siguiente programa:

/******* comienzo pseudocódigo programa *******/

1) leer fichero con una línea por cada dirección IP

2) Lanzar una ventana independiente por cada dirección IP, incluyendo el comando siguiente
ssh usuario@direccion_IP

3) el programa sigue corriendo haciendo otras tareas.

/******* Fin pseudocódigo programa *********/


El problema consiste en que no resuelvo el paso 2. He probado con

system ("nohup gnome-terminal --title=$titulo --command \"ssh $usuario\@$Dir_IP 2>/dev/null \" ");

o también con

exec ...

Hola a todos en el foro.

Estoy escribiendo un script y me asaltaron un par de dudas con algunas líneas que deseo se modifiquen si están dentro de un if(){...} (esa es mi duda principal) y respecto de cómo hacer un par de cosas.

Me explico. El esqueleto del script que poseo es el siguiente:
#!/usr/bin/perl
use v5.24;
use Getopt::Long qw(:config bundling_values require_order no_ignore_case);

### Variables
my $DPI = "150";
my $arara = 0; ...

Hola a todos.

Tengo un formulario en CGI al que se le pasan unos parámetros y quiero capturarlos para después generar un documento y ando haciendo pruebas.

Tengo este formulario:
<FORM name="formu" method="post" action="grupox.cgi" enctype="application/x-www-form-urlencoded">
<input type="hidden" name="cod_dep" value="$CodDep">
<input type="hidden" name="cod_invest" value="$CodInvest">
<input type="hidden" name="palabra" value="$Palabra">
<input type="hidden" name="cod_grupo" value="$CodGrupo">
<input type="hidden" name="nombreG" value="$NombreGrupo">
<input type="hidden" name="Tabla3" value="@miembros_nombre">
<center><B>
<TABLE><TR><TD>Nombre del grupo</TD> <TD><font face="Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif" color="#000000" class="textoAzul">$NombreGrupo</font></TD></TR></TABLE>
</B></center><br><br>
<TABLE><TR><TD>Área de ...

Estimados:

Estoy ocupando el módulo Spreadsheet::WriteExcel para leer un archivo plano (más de 70 000 registros) y generar n hojas de calculo según su cantidad de registros (por ejemplo 65 000 líneas para la versión de Excel antigua).

Pero no he podido optimizar para seleccionar la hoja por nombre que esta tiene y no por el comando sheets(3) el cual selecciona la hoja 3 de izquierda a derecha en forma predeterminada y como la creación ...

Hola, buenas. Tengo que hacer un problema en Perl y no sé muy bien cómo resolverlo. ¿Pueden ayudarme? ¡Muchísimas gracias!

El script debe hacer lo siguiente:

• pedir un fichero de entrada y un fichero de salida
• el fichero de entrada debe ser el que se proporciona en el material (se llama “desafio.fasta”) es un fichero multifasta con secuencias de genes codificadores de proteínas
• el script debe analizar sólo las secuencias completas, ...

Buenas, he hecho un programa para calcular la puntuación en un alineamiento, y no entiendo por qué me devuelve el valor 6 y no 4 como debería ser.

use List::Util qw;
sub programacion_dinamica{
my($secuencia1,$secuencia2) =@_;

my $len1 =length ($secuencia1);
my $len2 =length($secuencia2);
my @secuencia1 = split("",$secuencia1);
my @secuencia2= split("",$secuencia2);


#Construimos la tabla s y la inicializamos a 0
my @s=();
my @decisiones=();
for (my $i =0; $i <=$len1 ;$i++){

my @ fila_s=();
my ...

Saludos, Perl en Español.

Les comento que tengo a mi cargo el manejo de cierta información que está dividida en 6 archivos .txt los cuales están escritos en columnas con encabezados y separados por tabuladores "\t". Dichos archivos son bastante extensos (250 MB cada uno) y la información que contienen tiene información relacional entre los archivos.

Pretendo ingresar la información a bases de datos MySQL con DBI y para el procesamiento de archivos pienso leer ...

Hola, ¿qué tal?

Tengo este script que convierte un archivo fastq o una carpeta con varios archivos fastq en formato fasta.

Una de las opciones que agregué es la de definir el número de NNN repeticiones (NNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTGAAGAATGCGACGTACAGGATCATCTA), las cuales pueden excluirse si tienen un número determinado de letras 'N'. Ejemplo: si la opción -n es igual a 15 (-n 15) el script excluye a todas las secuencias que tengan 15 o más veces repetida la ...