Foro - Perl en Español

Buenas.

Estoy tratando de cortar una secuencia por la mitad y que ambas mitades me la guarde cada una en una variable distinta.

Para ellos he probado con la variable chop() pero no consigo guardar ambas mitades.

El caso es que meto variables pero no consigo el fin.

#!/usr/bin/perl

my $secuencia = 'AAATTTGGGTGTAATTGGGCCCGT';
my $secuencia =~ s/\s//g;
my $longitud = length($secuencia);

my $long = $longitud/2;
print "La longitud de la cadena es $longitud y el ...

Buenas. Dada una secuencia he buscado si posee el codón ATG de inicio con los códigos:

#!/usr/bin/perl

$ secuencia = AAAATGCGGTTATGCCCATGGGGTG;
$ s = 'ATG';

$posicon = 0;
$n = 0;
$n++ while $posicion = 1 + index($secuencia, $s, $posicion);

print "SE HAN ENCONTRADO $n VECES ESTE STRING ($s) EN LA SECUENCIA.\n";


exit;

Y me muestra el número de veces que tengo la secuencia ATG.

A continuación quisiera que me mostrase en el lugar que ...

Buenas tardes, necesito hacer un programa de Perl en el que me pida unos archivos que contienen una secuencia, las corte, las pegue, las guarde en una variable y la imprima por pantalla.

¿Alguien sería tan amable de ayudarme?

Gracias.
Un saludo.

Un buen día. Estoy tratando de realizar una matriz para simular mutaciones.
La característica de la matriz sería:

filas igual a los 64 codones
columna 1 igual a exones

codón 1 codón 2 codón 3 ... codón n
UUU UUC UUG ...
exon 1 frecuencia
de mutación
exon 2

exon 3
.
.
.
exon m

Lo anterior sería el esquema de la matriz.

¿Me podrían colaborar en cuáles serían los pasos para empezar ...

Un buen día.

Estoy tratando de filtrar los genes de un cromosoma que se encuentran dentro del genoma en un archivo FASTA.

Me podrían dar luces de cómo iniciar el proceso.

«Desde hace tiempo venimos usando en el laboratorio la librería kseq.h , integrante de , para las desagradecidas tareas de manipular grandes archivos en formato FASTQ. Esta librería es un único archivo .h en lenguaje C que de manera muy eficiente permite leer archivos FASTQ, y también FASTA, incluso comprimidos con GZIP, con zlib. La eficiencia es fundamental para estas aplicaciones, porque modificar archivos .fastq de varios ...

Buen día tengan todos en el foro.

Solicito de su amable ayuda. Estoy iniciando en esto del lenguaje de programación Perl con el objetivo de realizar tareas automatizadas y es por ese hecho que me cuesta trabajo entender algunos algoritmos.

En mi tiempo libre leo y complemento la lectura con algoritmos básicos. Aun así me falta mucho para llegar a donde quiero.

Dejando a un lado eso describo mi "problema": Necesito buscar secuencias cortas (alrededor ...

Buenos días,

soy nueva -nuevísima- en esto de la Bioinformática y no me aclaro, por eso he decidido que igual me viene bien algo de ayuda. He estado echando un ojo a otros hilos en los que se ha hablado de dividir multifasta pero no se acoplan a lo que necesito.

La idea es que a partir de un multifasta del que no conozco cuántas secuencias hay, me divida todas las secuencias únicas y me ...

Hola. Una pregunta sencilla: Quiero eliminar duplicados de un archivo, que es un problema muy común, pero en este caso lo que quiero es no solo que me elimine el duplicado sino que cuando existan, me los elimine a los dos. ¿Se entiende?

Si tengo:
>1-12312
>2-12222
>3-213
>4-123
>4-123
que en la salida me elimine los dos 4, no solo uno y quede únicamente:
>1-12312
>2-12222
>3-213
Perdón, seguramente es muy sencillo pero le ...

Hola de nuevo, sigo aprendiendo a hacer scripts en Perl.

Hasta ahora tenía uno que me servía muy bien, pero ahora que tengo archivos más grandes me tarda muchísimo en correr (pronóstico: semanas), y querría saber si me pueden ayudar a optimizarlo.

Lo que tengo que hacer es lo siguiente: Tengo dos archivos con columnas. Los dos archivos son replicas de un experimento, y lo que necesito es sumar los datos que son iguales y ...