Foro - Perl en Español

«En este vídeo tutorial se muestra como crear una aplicación web usando la tecnología CGI y el lenguaje de programación Perl. Para ello, se creará inicialmente un formulario web en HTML y después el programa de Perl que usa la librería CGI. El ejemplo mostrado, forma parte del curso OpenCourseWare de "Servidores de datos en Bioinformática" de la UNIA»

Hola, me he pasado del foro de Perl Básico al de Bioinformática, y ando tan perdida como antes. Qué significa la qw(), y en general toda esa expresión? Aparece en un programa que lo que hace es buscar genes

my @genes = qw(
xgene1 agene2 mgene3 zgene4 cgene5
);

Hola, soy nuevo en esto del Perl y llevo días documentándome y buscando pero no consigo hacer un programa. Tengo que hacer un programa con Perl que me abra un fichero en formato FASTA, me traduzca una secuencia de proteína a DNA y después buscar la complementaria. También me tendría que buscar la ID de la secuencia.

Un ejemplo del archivo FASTA que tendría sería:
>sp|P22607|FGFR3_HUMAN Fibroblast growth factor receptor 3 OS=Homo sapiens GN=FGFR3 ...

Hola, estoy teniendo problemas con un script para rescatar una expresión regular que es correspondiente a un identificador:

En el archivo original, luciría así:

MOLECULE
CARBON65005451
45 67 89

y sigue ofreciendo más información para cada molécula. Si su id number (CARBON65005451 en este caso) es mencionada solo una vez en el archivo, ¿cómo puedo usar una expresión regular correctamente para meter todos los id numbers en una especie de lista (arreglo, supongo) y exportarlo ...

Soy nuevo en esto, pero sé que para muchas secuencias es más fácil usar Perl para editar las cabeceras FASTA para evitar errores en análisis posteriores. Mi problema es no saber cómo meter una línea de comandos. Tengo archivos de entrada:

>gi|343457071|gb|JF424046.1| Streptomyces abikoensis strain KCTC 9662 recombinase A (recA) gene, partial cds
TCCACCGGGTCGACCGCTCTCGACGTCGCGCTCGGTGTCGGCGGCCTGCCGCGCGGCCGCGTGGTGGAGA
TCTACGGACCGGAGTCCTCCGGTAAGACGACCCTGACGTTGCACGCCGTGGCCAACGCCCAGCGGGCCGG
CGGCACCGTCGCCTTCGTGGACGCCGAGCACGCCCTCGACCCCGAGTACGCCAGAAAGCTCGGCGTCGAC
ATCGACAACCTGATCCTTTCCCAGCCGGACAACGGCGAGCAGGCTCTCGAGATCGTCGACATGCTGGTCC

>gi|78173104|gb|DQ234054.1| Streptomyces argillaceus strain ATCC 12956 RecA (recA) gene, complete cds
CCATGGCAGGCACCGACCGCGAGAAGGCCCTGGACGCCGCACTCGCACAGATTGAACGGCAATTCGGCAA
GGGCGCGGTCATGCGCATGGGCGACCGCTCGAAGGAGCCCATCGAGGTCATCCCGACCGGGTCGACCGCG
CTCGACGTGGCCCTCGGCGTCGGCGGTCTGCCGCGCGGCCGTGTCATCGAGGTCTACGGACCCGAGTCCT
CCGGCAAGACGACCCTGACCCTGCACGCGGTGGCGAACGCCCAGAGGGCCGGCGGCCAGGTGGCGTTCGT
GGACGCCGAGCACGCCCTCGACCCCGAGTACGCGCAGAAGCTCGGCGTGGACATCGACAACCTGATCCTG
TCCCAGCCGGACAACGGCGAGCAGGCCCTGGAGATCGTGGACATGCTCGTCCGCTCCGGGGCCCTCGACC
TGATCGTCATCGACTCCGTCGCCGCGCTCGTCCCGCGTGCGGAGATCGAGGGCGAGATGGGCGACAGCCA ...

Hola a todos. Mirad: tengo un problema con un programa que me corre bastante prisa, porque lo tengo que tener listo hoy.

Este es el programa, y en él vienen explicados todos los pasos, y para lo que sirve (es muy cortito).
#!usr/bin/perl
use strict;



#Se quiere introducir la ruta de producción de baccatina III, un precursor del anticancerígeno taxol, en la microalga Chlamydiomonas. Para ello se quieren clonar los genes que nos ...

Hola a todos :D

Resulta que de la página oficial de InterProScan descargué un script de un cliente que realiza consultas a dicho servicio. El tema es que esos resultados los necesito pasar a un archivo de anotación que estoy armando.

En la documentación de Perl explican que un objeto del tipo Bio::SeqIO::interpro crea un objeto Bio::SeqFeature::Generic, basado en el archivo XML con los resultados, pero ...

Este es mi primer mensaje, y nada, deciros...¡¡¡ hola!!!

Estoy comenzando en el mundo de la bioinformática y ya empieza a darme quebraderos con el tema de la programación que por mi carrera biológica apenas he visto. La cuestión es que tengo una secuencia FASTA con su cabecera. He aislado la cabecera siguiendo un script que he visto en otro mensaje, el cual ¡¡ha venido muy bien!!

Pero ahora con esta información, ¿cómo puedo interpretar ...

Hola a todos,

Necesito ayuda con la interpretación de unos resultados complejos.

Tengo encadenados los resultados de un programa y he de extraer solo dos datos de cada informe individual que se repite modularmente miles de veces (os pongo un ejemplo del formato):

########################################
# Program: predicter
# Rundate: Wed 27 Feb 2013 23:42:03
# Commandline: predicter
# -sequence ../Genes/NM_001163474.txt
# -minrepeat 5
# -maxrepeat 100
# -outfile NM_001163474.out
# Report_format: table
# Report_file: NM_001163474.out ...

Hola a todos. Estoy empezando en el mundillo éste del Perl, y haciendo uno de mis primeros programas me ha surgido una duda.

Estoy haciendo un programa bastante básico: a partir de un archivo FASTA, tengo que abrirlo y a partir de él hacer que aparezcan por pantalla las siguientes informaciones

- Nombre del organismo
- AC del producto génico
- Longitud de la cadena de nucleótidos
- Secuencia Proteica
- Longitud de la cadena ...