Foro - Perl en Español

Hola,

Tengo un problema al tratar un fichero. El fichero es del siguiente tipo:


1234 1 2 3 1 1 2
1235 1 2 2 1 1 2
1232 2 1 2 3 2 2

Todo esto separado por tabulaciones, y yo lo que quiero es leerlo y modificar esos números por un texto diferente para cada columna y valor. Es decir, para la columna 2 el valor 1 es Male y para la ...

Hola a todos:

Estoy tratando de hacer un programa que me indique el número de codones y que me diga los que empiezan con la letra A, G, T y C. He hecho algo básico con expresiones regulares muy básicas. Obtengo el número de codones que hay en mi secuencia pero a la hora de contar los codones con A, G, T y C me los lee todos revueltos y yo quiero la lectura cada ...

Buenas tardes, quisiera saber si alguien sabe cómo calcular el momento hidrofóbico de una secuencia de aminoácidos a partir de una rutina en Perl.

Hola. Necesito hacer un programa que sirva como contador de elementos de un archivo FASTA.

Un ejemplo de la primera línea es

>GI:238029083 ||A/Shandong/1/2009(H1N1)|1410|GQ200288|unpubl|

De ahí me interesa que el programa busque las ciudades (Shandong, p.ej.) y luego que haga una lista de cuántas veces aparece la ciudad-país.

Les agradecería la ayuda :D

Hola.

¿Cómo podría obtener de este string solo lo que está marcado con una expresión regular?

>gi|207855516|ref|NC_011294.1|:2565-3494 Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. P125109 chromosome, complete genome

Gracias de antemano y saludos.

Quiero que por favor alguien me ayude diciéndome si Perl es capaz de leer archivos en .phd y si es el caso cómo lo hago.

Mi trabajo consiste en ingresar una secuencia "de calidad" en Perl, que el archivo de salida sea en formato fasta.

gracias.

Buenas tardes, estoy trabajando con una matriz de datos que tiene la siguiente estructura:

Muestra 1 Muestra 2 Muestra3
Gen 1 3.92191 4.03648 4.0114
Gen 2 11.93265 12.4678 11.67605
Gen 3 4.22257 3.99756 4.17728

Los valores numéricos indican la expresión de cada uno de los genes en cada una de las diferentes muestras, por lo que yo necesito sacar la correlación (r) existente entre la expresión del Gen 1 con el Gen 2, Gen ...

Hola, buenas tardes.

Por favor, pido su ayuda. Estoy parseando unos archivos que tienen la siguiente estructura:

archivo1.txt
P35720 327696
P35720 785395
P31039 281480
Q3T189 286840
Q95123 281481

archivo2.txt
P35720 P31039
P35720 Q3T189
P35720 Q95123


En el archivo1.txt la primera columna contiene el nombre de una proteína en formato UNIPROTKB, la segunda columna contiene su nombre equivalente en formato ENTREZ_GEN_ID.

El segundo archivo se trata de pares de proteínas cuyos nombres se encuentran ...

Hola, a partir de un fichero con el siguiente formato:
>supercont1.1 of E.coli M1.001
TTATACTTAACTTATTATTTAAATTAATATAGCTTATTATATAGTAACCTTATAGTTCTA
ATTATATTATAAATAATTTATTTATTATACTTATTTAGTAGTTATTAAATATCTTTATTT
>supercont1.2 of E.coli M1.001
ATATAATAAATAAGAAGTATATATAAAGTAATAATTTTTTATTTATTTATAAGAATTATT
AAAGTTAGTTAATTTATAGTTATTATAACTATTAAAGATTAAAAGTTAATAAGTACTTTT
(...)
Estoy intentando extraer, en otro fichero (out.txt), el primer supercont. Para ello, en teoría, (según lo que yo pretendía) bastaría con teclear 1.2 y dejar que ese valor se guardara en $a. Al hacer esto, en vez de obtener un fichero con sólo la primera secuencia, obtengo uno con todas las secuencias. ...

¡Hola a todos!

Mi intención es predecir motivos de sumolización de varias proteínas de forma automatizada.
Para ello estoy intentando hacer un script en Perl que mande un conjunto de secuencias en formato FASTA al servidor seeSUMO utilizando el módulo de WWW::Mechanize.

Pretendo conseguir el código HTML de la página de salida para poder recuperar la información de las predicciones.

Ahora mismo estoy un poco perdido, si alguien me puede ayudar.

¡Muchas gracias!

http://bioinfo.ggc.org/seesumo

[perl ...