Foro - Perl en Español

Hola, aquí, aprendiendo Perl y haciendo mi primera pregunta en el foro.

¿Cómo debo interpretar los valores $fi, $fi, $fi etc., tanto para $f1 y $r1?

Agradezco su ayuda.

while(my $f1=<WF>){
$f1=$f1;
chomp($f1=<WF>);
$f1=<WF>;
chomp($f1=<WF>);
$r1=<WR>;
chomp(my $temp1=<WR>);
$r1=reverse($temp1);
$r1=~s/A/a/g;
$r1=~s/T/t/g;
$r1=~s/C/c/g;
$r1=~s/G/g/g;
$r1=~s/a/T/g;
$r1=~s/t/A/g;
$r1=~s/c/G/g;
$r1=~s/g/C/g;
$r1=<WR>;
chomp(my $temp2=<WR>);
$r1=reverse($temp2);
my $rf1=$f1.$c_60.$r1;
chomp($f1);
print FILE "$f1 $rf1\n";
}

Hola, tengo un problema, quizás muy básico, pero que no consigo resolver. Y estaba pensando que seguro que existe algún módulo para resolverlo fácilmente.

El problema es el siguiente. Tengo varias líneas con elementos separados por tabuladores:
X Y Z W
X1 Y1 Z1 W1
X2 Z2 W2
X3 Y2 Z3
X2 Z4 W2
X2 Z4 W3

Los ficheros tienen varios megas, pero tienen el formato que muestro en el ejemplo. A veces no se ...

¡Hola de nuevo! Estoy haciendo un programa de mutaciones aleatorias y he visto en muchos ejemplos esta orden, pero no sé lo que significa, ni si es imprescindible para el programa:

srand(time|$$)

Hola, soy nuevo en esta comunidad a la que estoy encantado de pertenecer.

Llevo programando ya un tiempo en Perl, aunque vengo de la rama de Biología. Actualmente estoy con un problema en un programa que estoy diseñando para el recorte de picos a partir de unos datos de histogramas, de los que muestro un extracto:
P 1 2 3 4 5 6
1 0 0 0 0 0 0
2 0 0 0 0 ...

Buenas tardes,

Soy nuevo en el foro y en bioinformática, llevo muy poco tiempo aprendiendo Perl, y tengo que hacer un programa que haga lo siguiente:

Leer nombres de archivos desde la entrada patrón (teclado); cada archivo puede tener uno o más registros en formato GenBank. Para cada archivo de entrada crear un archivo de salida con extensión ".fasta". Cada archivo de salida (los .fasta) deben tener las secuencias del archivo de entrada en formato ...

«Yo me he encontrado múltiples veces con este problema, por ejemplo procesando ficheros de genomas de Uniprot, que pueden tener ~ 30GB en sus casos más extremos. En estos casos, al utilizar los módulos threads y threads::shared, normalmente lo que ocurre es que la memoria se va llenando mientras avanza el trabajo de las threads, y como resultado final el sistema operativo termina matando al proceso porque ocupa toda la RAM. He encontrado, mezclando código ...

Hola, qué tal a todos, quisiera saber si existe un script en Perl o me puedan ayudar a diseñar un script que me pueda describir en una secuencia de aminoácidos las características propias de cada aminoácidos, es decir, nosotros sabemos, básicamente, que los aminoácidos se agrupan de la siguiente forma:

Grupo Hidrofóbico = (H)
Polar = (P)
Carga+ = (+)
Carga- = (-)

Supongamos que tenemos un archivo fasta: input:AA_1.fasta

>AA_1
MTRDETHPFV

Y deseamos que ...

Querría saber el código óptimo para realizar una encuesta en Perl. La tenemos realizada, pero nos parecen demasiadas líneas y queríamos ver la manera más óptima. La encuesta consiste en una batería de preguntas a las que se responderá sí y no mediante y , y dependiendo de si la respuesta sea positiva o negativa se pasará a una siguiente pregunta que dependerá de la primera. Así, si a una pregunta que se interesa ...

Mi problema resulta al descargar un programa para alineamientos el cual es un binario de UNIX, me descarga un archivo .tgz al descomprimir aparecen cuatro archivos ejecutables de UNIX al tratar de abrirlos en la terminal 2 de ellos indican (cannot execute binary file), el tercero (SX_i386
Reason: image not found
Trace/BPT trap: 5) y finalmente uno me muestra en parte lo que quiero del programa pero de inmediato marca logout sin permitirme seleccionar la ...

«Ahora mismo cualquiera tiene delante una máquina multinúcleo (en Linux comprueba /proc/cpuinfo) y con ella podremos acelerar significativamente nuestras búsquedas con BLAST si se cumple una condición:

La memoria RAM de tu hardware debe superar con creces el tamaño de la base de secuencias que queremos rastrear.

Si esta condición se cumple en tu caso, sigue leyendo. El siguiente código Perl, con ayuda del módulo Parallel-ForkManager, te permitirá exprimir tú máquina, partiendo el problema inicial ...