Foro - Perl en Español

«Buenas,
quedan ya pocos días para terminar el año, o lo que es lo mismo, pocos días para que podamos probar la primera versión oficial de Perl 6, tras demasiados (15!) años de desarrollo, de la mano del compilador Rakudo. Si no os suena nada de esto, podéis empezar por leer las preguntas frecuentes o directamente empezar tutoriales como perl6intro».

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Hola, gente. Estoy aprendiendo bioinformática con Perl.

Estoy haciendo un programa en Python pero mi profesor me lo pide en Perl y todavía no lo domino mucho. ¿Alguien me podría ayudar?

Aquí tenéis el código: https://gist.github.com/anonymous/5138c61c41fb985c7837
sequence = 'TAAAGACTGCCGAGAGGCCAACACGAGTGCTAGAACGAGGGGCGTAAACGCGGGTCCGAT'

def skew(sequence):
c = 0
g = 0
min_skew = 0
skew_list =
index = 0
for i in sequence:
index += 1
if i == 'C':
c += 1
if i == ...

Hola

Tengo un archivo con coordenadas de ciertos cromosomas:
chr1 11845753 11845846
chr1 11845856 11846102
chr1 11846102 11846209
chr1 11846209 11846508
chr1 11846522 11846718
Estas coordenadas se corresponden con exones de diferentes genes. Necesito relacionar cada posición con el exón y el gen correspondiente, para imprimir algo como:
chr1 11845753 11845846 Exon1_GenX
chr1 11845856 11846102 Exon2_GenX
chr1 11846102 11846209 Exon3_Genx
chr1 11846209 11846508 Exon1_GenY
chr1 11846522 11846718 Exon2_GenY
Manualmente lo haría yendo al NCBI o ...

GenOO: A Modern Perl Framework for High Throughput Sequencing analysis
(GenOO: un entorno de trabajo en Perl moderno para el análisis de alto rendimiento de secuencias)

«Background: High throughput sequencing (HTS) has become one of the primary experimental tools used to extract genomic information from biological samples. Bioinformatics tools are continuously being developed for the analysis of HTS data. Beyond some well-defined core analyses, such as quality control or genomic alignment, the consistent development of ...

«Esta semana me di cuenta que un antiguo script de Perl que leía datos bibliográficos de Pubmed automáticamente había dejado de funcionar.

La explicación es que el NCBI ha dejado de dar soporte a su servicio web con el protocolo SOAP desde el 1 de julio de 2015. No soy un experto informático, pero hace unos años ese protocolo estaba de moda y ahora parece que ya no (imagino que por razones de seguridad)».

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«Buenas,

hoy me he vuelto a encontrar con una tarea reincidente, la de juntar varios ficheros con datos separados por tabuladores (formato TSV) en un sólo fichero Excel para compartirlo más fácilmente con otros colegas. Como decía esto me pasa con cierta frecuencia, y por eso hoy dediqué 5 minutos a escribir unas líneas de Perl que permiten automatizar esta tarea, previa instalación del módulo Spreadsheet::WriteExcel»

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«Hola.

El proyecto RPerl acaba de liberar la primera versión en CPAN tras más de dos años de desarrollo en https://github.com/wbraswell/rperl Su mascota es un correcaminos y a su autor principal (Will Braswell), a tenor de lo que escribe en la página del proyecto, parece que le gusta la literatura fantástica o las películas de semana santa.

Volviendo a lo importante, la filosofía del proyecto es hacer un compilador ...

Hola, comunidad de perlenespanol. Necesito de su ayuda para resolver un pequeño problemita.

Espero explicarme bien y que puedan entender así como lo describo.

Les platico: Tengo la siguiente lista (inventado para ejemplificar):
AAAA
TTTT
GGGG
CCCC
son las secuencias que quiero buscar en una biblioteca, esta (inventada para ejemplificar):
XXXXXXXXX
NNNNNXXXX
TTTTXXXXX
NNNNXXXXX
GGGGXXXXX
XXXXXXXXX
AAAAXXXXX
TTTTXXXXX
CCCCXXXXX
AAAAXXXXX
AAAAXXXXX
TTTTXXXXX
AAAAXXXXX
CCCCXXXXX
usando un script que explorer me ayudó a hacer puedo obtener ...

Estimados:

Soy novato en esto, y ando teniendo algunos problemitas.

Yo he adaptado un script en Perl para comparar dos archivos de unos análisis bioinformáticos y me está dando mucho dolor de cabeza porque es muy lento.

Mi pregunta es si alguien sabe cómo podría escribirlo para que funcione más rápido.


Básicamente lo que tengo que hacer es lo siguiente: Tengo dos archivo que tienen tres y cuatro columnas.
El primer archivo es de esta ...

Buenas tardes. He conseguido que mi programa lea de tres en tres una secuencia y otro programa que me encuentre la secuencia ATG y me diga dónde está.

Ahora estoy tratando de que dada una secuencia, me encuentre la secuencia ATG y cuente de tres en tres a partir de ATG.

#!/usr/bin/perl
$secuencia = 'AAAATGCGGTTATGCCCATGGGTAAGTG';
$indica_orf = 0; #Indicada cuando encuentra un orf
$orf = "";
my @var = (); #La usamos para guardar los ...