Foro - Perl en Español

Hola. El script de abajo es el alineamiento global para dos secuencias. Ahora lo que tengo que realizar es el alineamiento con restricciones.

Por ejemplo, quiero alinear la A de la primera secuencia (posición 0) con la G de la segunda secuencia (posición 1), es decir, si tengo como restricción (0,1) quiere decir que la posición 0 de la secuencia 1 tiene que alinear con la posición 1 de la secuencia 2, independientemente de si ...

Hola, un cordial saludo a todos.

Agradecería mucho si por favor alguien puede darme una ayuda:

$seq = "AGCCATGTAGCTAACTCAGGTTACATGGGGATGACCCCGCGACTTGGATTAGAGTCTCTTTTGGAATAAGCCTGAATGATCCGAGTAGCATCTCAG";

for $r ( 0, 1, 2 ) {
for ( my $i = $r; $i <= length($seq) - 3; $i += 3 ) {

if ( substr( $seq, $i, 3 ) eq "ATG" ) {
my $j = $i + 3;

while ($j <= length($seq) - 3
&& substr( $seq, $j, 3 ) ne "TAA" ...

Hola, amigos. A ver si alguien me puede ayudar.

Estoy intentando segmentar una cadena en fragmentos más pequeños para imprimirlos en columna. Es decir, tengo:

$cadena="XXXXXAAAAABBBBBCCCCC"

y quiero poder imprimir:

XXXXX
AAAAA
BBBBB
CCCCC

Es decir, meter un salto de línea cada x caracteres (en este ejemplo, 5 caracteres).

Preparé este pequeño código que resuelve el problema:
while(length($cadena) > x){
$sec=substr($cadena,0,x);
print "$sec\n";
$cadena=substr($cadena,x);
}
print "$cadena\n";
donde "x" es la longitud deseada.

El ...

Saludos, comunidad.

Mi problema es el siguiente, y si alguien me puede ayudar le estaré eternamente agradecido.

Tengo un archivo que contiene secuencias de 40 nucleótidos (alrededor de 2000 secuencias) y lo que debo hacer es saber si estos fragmentos de secuencias se encuentran en 6 archivos del formato fastq que traen cerca de 90 millones de secuencias.

En primera instancia, el script solicita el archivo de entrada, el nombre de salida y la dirección ...

Hola, buenas. Tengo que hacer un problema en Perl y no sé muy bien cómo resolverlo. ¿Pueden ayudarme? ¡Muchísimas gracias!

El script debe hacer lo siguiente:

• pedir un fichero de entrada y un fichero de salida
• el fichero de entrada debe ser el que se proporciona en el material (se llama “desafio.fasta”) es un fichero multifasta con secuencias de genes codificadores de proteínas
• el script debe analizar sólo las secuencias completas, ...

Buenas, he hecho un programa para calcular la puntuación en un alineamiento, y no entiendo por qué me devuelve el valor 6 y no 4 como debería ser.

use List::Util qw;
sub programacion_dinamica{
my($secuencia1,$secuencia2) =@_;

my $len1 =length ($secuencia1);
my $len2 =length($secuencia2);
my @secuencia1 = split("",$secuencia1);
my @secuencia2= split("",$secuencia2);


#Construimos la tabla s y la inicializamos a 0
my @s=();
my @decisiones=();
for (my $i =0; $i <=$len1 ;$i++){

my @ fila_s=();
my ...

Hola, ¿qué tal?

Tengo este script que convierte un archivo fastq o una carpeta con varios archivos fastq en formato fasta.

Una de las opciones que agregué es la de definir el número de NNN repeticiones (NNNNNNNNNNNNNNNNNNATAGTGAAGAATGCGACGTACAGGATCATCTA), las cuales pueden excluirse si tienen un número determinado de letras 'N'. Ejemplo: si la opción -n es igual a 15 (-n 15) el script excluye a todas las secuencias que tengan 15 o más veces repetida la ...

Libro: Metagenomics, de Ken Youens-Clark y Bonnie Hurwitz.

Proyecto

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Unix, Bash, Perl 6 y secuencias genéticas.

Hola, estoy realizando el siguiente script:

#Enumeración de motivos



sub motifs {
my $t =$_;
my $k = $_;
my @s =@{$_};#Lista pasada por referencia
my @secuencias = @{$_};

my @motifs=();
for (my $i=0; $i< scalar @s; $i++) {
my $indice =$s;
my $secuencia =$secuencias;
my $k_mero = substr ($secuencia,$indice,$k);

push @motifs,$k_mero;
}
return @motifs;
}




sub profile{
my ($t,$k,@motifs) =@_;
my %tabla =();
my @bases = ("A","C","G","T");
foreach my $base (@bases){
my @lista_ceros ...

Buenas a todos.

Tengo una duda y es que me ha comentado mi profesor que en la subrutina del aminoacido_minoritario() él cree que puede conllevar a una confusión que para calcularlo usa el valor de num_max_apariciones que obtengo en la subrutina anterior, y me ha dicho que lo modifique para que en el caso de que aparezca más de un aminoácido mayoritario imprima por pantalla el primero y el último y no lo entiendo muy ...