Foro - Perl en Español

Buenos días.

Partimos de un archivo de texto con cadenas de DNA en formato FASTA:

>Rosalind_6404
CCTGCGGAAGATCGGCACTAGAATAGCCAGAACCGTTTCTCTGAGGCTTCCGGCCTTCCC
TCCCACTAATAATTCTGAGG
>Rosalind_5959
CCATCGGTAGCGCATCCTTAGTCCAATTAAGTCCCTATCCAGGCGCTCCGCCGAAGGTCT
ATATCCATTTGTCAGCAGACACGC
>Rosalind_0808
CCACCCTCGTGGTATGGCTAGGCATTCAGGAACCGGAGAACGCTTCAGACCAGCCCGGAC
TGGGAACCTGCGGGCAGTAGGTGGAAT

Y queremos que nos devuelva el ID de la cadena con el porcentaje de CG más elevado, éste incluido.

La salida sería:
Rosalind_0808
60.919540

¿Alguien sabría cómo hacerlo?

Gracias.

«Para calcular la longitud promedio de las secuencias de un fichero FASTA estábamos usando el siguiente comando de Perl en el terminal».

Artículo

«Esta entrada es para compartir un script Perl para enraizar árboles, muchos árboles, de manera automática, y ordenar los nodos por distancia.

Rubén Sancho y yo estamos probando el software GRAMPA, que requiere una colección de árboles de genes precalculados en formato Newick, pero además los quiere enraizados y ordenados de manera ascendente. Como son más de mil árboles no lo queríamos hacer uno a uno con FigTree, por poner un ejemplo; queríamos automatizarlo y ...

«Buenas. Hace un par de años describía en otra entrada cómo leer de manera eficiente ficheros FASTQ con ayuda de kseq.h Para ello definí una clase C++ que llamábamos desde Perl5 con Inline::CPP. La entrada de hoy es para contar que se puede hacer lo mismo instalando el módulo Bio::DB::HTS::Kseq desde CPAN, previa instalación en tu sistema de la librería htslib».

use strict;
use Bio::DB::HTS::Kseq;

my ($length,$header,$sequence,$quality);

my $kseq = Bio::DB::HTS::Kseq->new("sample18MB.fq.gz");
my $iter = ...

«El estadístico N50 se usa a menudo para resumir a grosso modo un ensamblaje de secuencias, que generalmente es un fichero FASTA con una serie de contigs.

Modificando la definición de la Wikipedia, N50 es la longitud de contigs tal que usando contigs de igual o mayor tamaño recuperamos la mitad de las bases de ese ensamblaje».

Artículo

«En la entrada de hoy muestro una manera de enviar correo electrónico desde un servidor seguro (STARTTLS) por medio de un script Perl. Hasta hace poco lo hacía con el vetusto módulo Net::SMTP::TLS, pero esta solución era muy frágil y se rompía cada vez que otros módulos (fundamentalmente IO::Socket::SSL) no iban a la par en sus versiones. De hecho, en un sistema Ubuntu 14 no he logrado hacerla funcionar actualizando esos módulos, pero cambio he ...

«El pasado 8 de febrero se publicó en la revista Nature Chemical Biology (http://dx.doi.org/10.1038/nchembio.2019) un artículo donde se describen las bases moleculares de la reacción de O-fucosilación. Ésta es una modificación postraduccional poco frecuente, que realizan las enzimas O-fucosiltransferasas.

...

Tras alinear algunas secuencias de ejemplo y perfeccionar la expresión regular, ésta se empleó para identificar todas las secuencias con dominios TSR en los proteomas de Homo sapiens y ...

Taller de BioPerl

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desarrollado por Bruno Contreras-Moreira, Fundación ARAID y Estación Experimental de Aula Dei/CSIC, Zaragoza, España.

El sistema operativo Bio-Linux
Perl y un editor
Sesión 1: Internet como fuente de datos y software

TEORÍA: Subrutinas y procedimientos
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Declaración de subrutinas y alcance de las variables
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Instalación de software
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Curso de Perl en bioinformática

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desarrollado por Bruno Contreras-Moreira, Fundación ARAID y Estación Experimental de Aula Dei-CSIC, Zaragoza, España.

Presentación
Fundamentos de Perl5 (1)
El lenguaje Perl5
El intérprete Perl (en el terminal)
Editores de texto y entornos de desarrollo integrados (IDEs)
Un primer programa
Cómo escribir tus programas
Sintaxis básica de Perl
Variables y tipos
Asignaciones a variables escalares
Asignaciones y consultas a arreglos o vectores
Asignaciones a tablas asociativas y consultas
Variables especiales ...

Utilizando el protocolo SOAP, aquí tenéis un cliente, en Perl, para realizar consultas bibliográficas de literatura biomédica:

Perl client example - SOAP web service

You can download our Perl client here: SOAP Perl client. Please, read the contained readme.txt for more information.

Content:

• client.pl (Basic example which prints first all available search fields and gives an easy example for searching our citation database.)
• readme.txt (Contains installation/configuration information.)